Les équipes de recherche du Laboratoire de parasitologie-mycologie de l’hôpital Saint-Louis AP-HP, de l’Institut Pasteur, de l’Université Paris Cité, coordonnées par le Pr Alexandre Alanio, ont mis au point des tests PCR quantitatifs innovants pour l’évaluation de la méningo-encéphalite cryptococcique associée au VIH en Afrique subsaharienne. Les résultats de cet essai ont fait l’objet d’une publication le 8 février 2024 dans la revue The Lancet Microbe.
La méningite cryptococcique est due à une mycose opportuniste provoquée par un champignon chez des patients sévèrement immunodéprimés. Elle représente environ 10 à 20 % des maladies relatives au VIH, avec un taux de mortalité à 10 semaines de 25 à 50 % malgré un traitement adapté. Elle est responsable d’une mortalité supérieure à la tuberculose en Afrique subsaharienne.
La charge fongique évaluée par la culture cryptococcique quantitative, numération des colonies de champignon, est utilisée comme marqueur pour surveiller la réponse au traitement dans les études de recherche. L’évaluation de cette charge par PCR est plus rapide et moins fastidieuse que la numération classique. Aucune des PCR développées jusqu’à présent n’est adaptée pour permettre l’identification et la quantification d’une méningite cryptococcique, à partir d’échantillons cliniques.
L’Afrique subsaharienne est particulièrement touchée par la méningite cryptococcique. En sélectionnant les patients inclus dans l’étude AMBITION–cm au Botswana et au Malawi, l’équipe a cherché à mettre au point et valider 2 types de tests, qPCRqsp1 et RTqPCR28S, pour quantifier la charge fongique et identifier les espèces de Cryptococcus de manière rapide et efficace dans le but d’améliorer les soins et les résultats pour les patients.
Dans cette étude incluant 209 patients atteints de méningite cryptococcique, la culture cryptococcique quantitative a été utilisée comme référence.
L’équipe a identifié et quantifié la charge fongique dans le liquide céphalorachidien à 3 phases du traitement antifongique : jour 0, jour 7 et jour 14, en utilisant les tests qPCRqsp1 et RTqPCR28S validés.
Au jour 0, la sensibilité des tests était de 98,2 % et de 90,4 % dans le liquide céphalorachidien. La quantification de la charge fongique par qPCR était très bien corrélée avec la méthode de référence (la culture cryptococcique quantitative).
De plus, les tests mis au point ont permis de constater qu’en dehors de C. neoformans espèce prédominante, l’espèce C. gattii représentait 21 % des cas au Botswana et 8 % au Malawi.
Par ailleurs, l’équipe est parvenue à identifier dix patients qui possédaient dans leur organisme des levures viables mais non cultivables après 14 jours de traitement.
« Ces tests seront nécessaires en milieu clinique pour le suivi de la charge fongique et le pronostic des patients atteints de méningite cryptococcique, particulièrement essentiels en Afrique subsaharienne où la méningite cryptococcique est très répandue et où la mortalité est élevée. » commente Pr Alexandre Alanio, responsable du groupe mycologie translationnelle à l’Institut Pasteur / Université Paris Cité et responsable du laboratoire de parasitologie-mycologie de l’hôpital Saint-Louis AP-HP. Cette étude montre pour la première fois l’existence dans les prélèvements humains de levures viables mais non cultivables. La découverte de ce phénotype spécifique est un premier pas pour une meilleure compréhension du métabolisme fongique au cours de l’infection et du traitement.
- Réaction en chaîne par polymérase : technique de biologie moléculaire utilisée pour le dépistage du VIH ou encore du Covid-19
- La PCR quantitative est une technique qui permet de mesurer la quantité initiale d’ADN grâce à un marquage fluorescent
- La reverse transcriptase PCR en temps réel est une technique qui permet de détecter et quantifier les ARNs d’un échantillon.
Références : Tshepiso Mbangiwa, Aude Sturny-Leclère, Kwana Lechiile, Cheusisime Kajanga, Timothée Boyer Chammard, Jennifer C. Hoving, Tshepo Leeme, Melanie Moyo, Nabila Youssouf, David S. Lawrence, Henry Mwandumba, Mosepele Mosepele, Thomas S Harrison, Joseph N Jarvis, Olivier Lortholary, Alexandre Alanio – The Lancet Microbe